Il romanzo inizia con la presentazione della famiglia Dursley: Vernon, Petunia e il piccolo Dudley; vivono nel Surrey, al n° 4 di Privet Drive. Un giorno, però, iniziano a notare cose strane: gatti leggere il giornale, gufi volare di giorno e di notte e persone vestite in modo strano. Nello stesso giorno, i maghi stanno festeggiando la sconfitta del mago più forte nella storia di tutti i maghi: Lord Voldemort. Incredibilmente, un bambino è riuscito a sopravvivere alla crudeltà di Voldemort: Harry Potter, che viene trasferito a casa dei suoi zii, la famiglia Dursley. La famiglia di Harry è stata uccisa, appunto, da Voldemort.

Dopo molti anni passati insieme ai suoi zii, prendendo la posta, trova una lettera indirizzata a lui, ma i Dursley impediscono che lui la legga. Giorni dopo continuano ad arrivarne fino a riempire la casa, così si sono trasferiti in un’altra su uno scoglio.

Lì, il giorno dell’undicesimo compleanno di Harry, fa irruzione un uomo enorme, Rubeus Hagrid, arrivato per raccontare ad Harry le stranezze che succedevano e il motivo per il quale gli spedivano le lettere: egli era un mago. Così frequenterà una famosa scuola di magia, chiamata Hogwarts. Giunto alla stazione per prendere il treno conosce un ragazzo, Ronald Wisley, soprannominato Ron; incontrerà anche il suo peggior nemico, Draco Malfoy.   Giunti al castello di Hogwarts, gli alunni del primo anno vengono smistati nelle quattro Case, che sono Grifondoro, Tassorosso, Corvonero e Serpeverde: Harry, Ron e Hermione vengono smistati a Grifondoro, mentre Draco Malfoy andrà a Serpeverde. Conosce anche Hermione Granger, che inizialmente si rivela antipatica e presuntuosa, ma poi stringe un’amicizia dal momento in cui Ron e Harry l’hanno salvata da un troll. Harry viene anche arruolato nella squadra di Quidditch.

Durante l’anno scolastico, i tre amici pensano che il professor Piton (Pozioni) voglia rubare la Pietra Filosofale, una pietra prodigiosa che trasforma ogni metallo in oro e produce l’Elisir di Lunga Vita, e che è nascosta al terzo piano sorvegliata dal Cerbero Fuffi.

Ma in realtà si sbagliano: è Voldemort che ha bisogno della Pietra Filosofale, per cui si stabilisce nel corpo del professor Raptor (Difesa contro le Arti Oscure), il quale cerca di rubare la pietra. Quando Harry, Ron ed Hermione capiscono che qualcuno sta cercando di rubare la pietra, sono costretti a superare tutti gli incantesimi dei professori per arrivare alla pietra. Nell’ultima stanza arriva solo Harry, che trova il professor Raptor davanti allo Specchio delle Brame: lui vede se stesso con la pietra, ma non riesce a prenderla. Mentre Harry si guarda nello Specchio, vede se stesso prendere la pietra e infilarsela in tasca, e d’un tratto sente il peso della pietra che gli scivola in tasca: la chiave per ottenerla, dunque, era il voler trovare la pietra, ma non usarla. Riesce così a sottrarre la Pietra Filosofale a Voldemort e uccide il professor Raptor.

Alla fine dell’anno Serpeverde risulta vincitrice della coppa delle Case, anche se poi la vince Grifondoro grazie alle ultime modifiche dei punti da parte di Silente. Finisce l’anno ed Harry è costretto a ritornare dai suoi zii, insopportabili come al solito.